当实际权利人和产权证登记不一样而发生纠纷时，首先应尝试协商解决。双方可就权利归属、产生差异的原因等进行沟通，寻求达成一致的解决方案。若协商无果，可以考虑通过法律途径解决。在法律程序中，实际权利人需要提供充分的证据来证明自己对该不动产或其他相关财产拥有实际权利，例如购房合同、出资证明、长期占有使用情况等。法院会依据相关法律法规，综合双方提供的证据、交易习惯以及诚实信用等原则来判定权利的真正归属，从而妥善解决纠纷。

在房产交易过程中，由于购房资格等限制，实际权利人和产权登记并不同意，遇到这种情况该如何处理呢？

【案例】2012年吴某与大连某房地产公司签订《商品房买卖合同》，购买了该房地产公司两套商品房。2013年郑某与吴某签订协议，内容如下：（1）这两套商品房系郑某的住房，但由于其尚未取得大连市户口，故使用吴某名义购房，而实际购房付款人均为郑某；（2）吴某对该房屋不具有实际产权和使用权，也不以该房屋承担任何风险及法律责任，不承担该房屋发生的任何费用；不得擅自将该房屋处置、转让、设置抵押或担保；不得就该房产向郑某提出任何权利主张；（3）郑某以上述房产享有实际的产权和完全的使用权（包括收益权），同时，由于上述房产尚在吴某名下，吴某应为郑某出具授权委托书，由郑某自用或出租、经营使用该房产，并收取租金收益。同日，吴某为郑某出具了授权委托书。2014年5月房地产登记机关向吴某颁发了这两套房屋的产权证。但后来，双方就该房屋权利归属发生争议而诉至法院。

【法院判决】郑某与吴某签订协议书是双方真实意思表示，应属合法有效，双方均应依约定履行义务、行使权利。双方协议中约定使用吴某名义购房，而实际购房付款人均为郑某，现该房屋由郑某使用；吴某对该房屋不具有实际产权和使用权，也不以该房屋承担任何风险及法律责任。吴某主张合同无效的理由不能成立。

【律师解析】房产证是登记机关颁发给权利人作为其享有权利的证明，但并不能直接决定实体法律关系存在与否。房屋产权证书是权利的外在表现形式，只具有推定的证据效力，与实际权利状况并不一定吻合。本案中，虽然房产证显示权人是吴某，并且吴某实际持有该证件，但并没有证据证明其对该房屋拥有实体权，依据相应的证据，可以认定郑某是以吴某的名义购房，并实际支付了全部购房款，是该房屋的真正购买人。

【律师提醒】如果权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项错误的可以申请更正登记。不动产登记簿记载的权利人不同意更正的，利害关系人可以申请异议登记。但是异议登记之后十五日内要进行起诉，否则异议登记自动失效。如果异议登记不当，造成权利人损害的，权利人可以向申请人请求损害赔偿。