西交利物浦大学团队开发检验基因表达“开关”可靠性的数据库
创始人
2025-12-04 17:14:43
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近日,西交利物浦大学理学院生物科学与生物信息学系魏震博士团队,联合利物浦大学研究者,在国际权威期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上发表最新成果,推出了整合多种m6A检测技术并通过交叉验证的数据库——m6AConquer。

在生命科学研究中,“RNA修饰”就像基因表达的“隐形开关”,控制着细胞何时、以何种方式制造蛋白质。其中最常见的一种叫 m6A(N6-甲基腺苷),它影响着RNA的稳定性和蛋白质合成效率,被认为与细胞功能乃至疾病发生密切相关。长期以来,这个领域一直存在一个“烦恼”:不同实验室得到的结果经常对不上。同一个基因、同一个核苷酸位点,在一篇论文里被标成“有修饰”,在另一篇论文里却显示“没有”。这种结果前后不一致的情况,让科研人员很难判断究竟哪些修饰是真实的、能重复验证的。

魏震说:“过去研究者各说各话,现在终于有了一个能‘对齐’所有数据的共同坐标系。”

研究团队借鉴了国际著名的ENCODE人类基因组计划的统计框架,采用 IDR模型来衡量不同检测方法之间的结果一致性。最终,他们识别出了超过13.5万个高置信度的m6A修饰位点(IDR < 0.05),这些位点在不同的正交实验技术之间表现出统计显著的可重复性

魏震表示:这项分析首次在该领域中建立了严谨的真实标准(ground truth数据集,让不同m6A 检测方法的性能评估成为可能。科研人员以直接利用这些经过多平台验证的修饰位点作为统一参考,不再需要为技术差异反复调整。这样不仅提高了研究的一致性和可重复性,也为后续算法开发与疾病机理研究提供了可靠的参照系。

除了确保数据的可靠性,魏博士团队还关注“可用性”——如何让这些数据更容易被科学家使用。

m6AConquer建立了一个标准化的数据共享框架,把原本分散、复杂的多组学原始数据重新整理为“分析就绪”的矩阵化格式。这就像把散落在不同国家的字典整合成同一种语言版本,研究人员无需再花大量时间清洗、对齐数据,就能直接开展比较、建模和验证,大幅提升科研效率与可复现性。

魏震表示“这意味着我们不仅能看到RNA修饰的‘结果’,还开始理解它背后的‘原因’。有些基因突变可能正是通过影响RNA修饰水平,间接改变了疾病风险……我们希望这一开放资源能够成为推动表观转录组学从‘数据整合’走向‘机制理解’的重要一步。”

目前,m6AConquer数据库和所有分析工具已在网站 rnamd.org/m6aconquer免费向全球科研人员开放。(中国教育新闻网通讯员 王璐谣寇博

作者:王璐谣 寇博

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