1949年8月，李以劻在福州战役中带领所部八千多人投诚，并于1960年与沈醉一同被第二批特赦。特赦名单上写的是他是第五军中将副军长兼独立第五师师长，但有情报显示，李以劻参加的1949年6月21日临时军事会议时，他的身份是“第一编遣司令部副司令官兼独立五十师师长”。

这份情报是由时任“福州绥署”副主任的吴石将军提供的。有传言称吴石将军是《潜伏》中吴敬中或余则成的历史原型，但这显然没有依据。吴敬中确有其人，是原保密局天津站少将站长，而余则成与吴石的档次相差甚远。

李以劻投诚后被送入战犯管理所，他与沈醉一同度过了几年。沈醉曾带着调侃的语气问李以劻：“你为什么没有按政策作为投诚人员处理，而和战俘一起改造呢？”李以劻当时愤慨地回答：“福州绥靖公署的一个警卫团长不赞成我投诚，等到我投诚以后，他又说我投诚是假，乘机想反抗才是真的……”

1980年，沈醉和李以劻分别恢复了起义将领和投诚人员的身份。1995年，李以劻被评为全国一百位抗战老战士代表之一。在回忆录中，他提到了一件重要的事：蒋介石在1959年6月就对吴石将军产生了怀疑，李以劻曾替吴石辩解，才暂时掩盖了这件事。

那是在1959年6月21日，福州解放前夕，蒋介石带着总裁办公室主任俞济时、机要室主任曹圣芳等人乘飞机到福州督战。因担心此行生死未卜，蒋介石在机场召集了亲信们开会，其中福州绥署主任朱绍良和副主任吴石在会议名单上排名前两位。

此外，参会的还有福建省保安代司令范诵尧、东南前进指挥所主任汤恩伯、第六兵团司令官李延年（李延年逃亡台湾后被判十年徒刑，且据称为冤枉，次年假释）、二十五军军长陈士章（于1949年8月在福建被俘，1975年特赦释放，后移居美国，1992年去世）、七十三军军长李天霞（逃台后被判12年徒刑）、七十四军军长劳冠英（逃台后被开除军籍，转行开杂货店）等将领。吴石中将和李以劻等人都在会议名单之列，蒋介石对他们并不信任，尤其是对吴石的疑虑最深。

会议结束后，蒋介石单独召见了李以劻，询问吴石的情况：“据报吴石有厌战论调，并曾多次向人说，国民党不亡，是无天理。”李以劻知道吴石的想法，立刻为吴石辩解：“他从战略角度谈戡乱问题，认为长期作战将使我们失败。”李以劻继续解释吴石的观点：“今年5月底他来福州时，曾邀请我到温泉路家中吃饭。当时他就说过福州易攻难守，最大的障碍是背靠乌龙江；福建山岳地区适合打游击战，但我们的游击能力远不如共党，他认为现在没有能够作战的将领，也没有足够的兵力。吴石认为当下最好的策略是守住岛屿。”

蒋介石听后，发现吴石的看法竟与自己不谋而合，于是对吴石的怀疑暂时放下，吴石也因此在李以劻的掩护下成功过关。

然而，吴石将军最终为何被揭露，《蒋介石传》中仅提到了一些简短的内容：“国防部中将副参谋总长吴石被情治机关秘密逮捕，吴石的妻子王璧奎、联络人朱谌之、老部下聂曦上校、前第四兵站总监陈宝仓中将等人也被捕。”时任《扫荡报》副刊编辑的王鼎钧回忆道：“吴石作为中将，掌管参谋本部的作战事务，拥有最高军事机密，竟然是高级间谍。这条新闻占据了各大报纸的头版头条。”

蒋军对这一事件封锁消息，因此吴石被捕的第一手资料至今非常稀缺。国学大师南怀瑾的次子南小舜在其著作《人生路漫漫：南怀瑾家族三代的人生浮沉》中对这段历史做了较为详细的记录。南怀瑾不仅是文学家、教育家，也是武林高手，他与蒋军高官之间有着不少交流。

根据南小舜的描述，蒋军发现吴石暴露的经过经过了长时间的调查。蒋军通过与美军合作设立雷达监控东南亚地区，捕捉到密电码信号，并追踪到吴石的官邸。蒋军通过细致的调查，确定吴石与密电码的传输密切相关，最终揭开了吴石的间谍身份。

通过一名伪装成女佣的特工的发现，蒋军得以在吴石不知情的情况下，揭开了他的间谍行为。吴石被捕后，蒋介石对外宣称进行了一次军事会议，实际上是一个陷阱，用以逼捕吴石及其地下网络成员。最终，吴石及其同党被秘密处决，留下了许多未解的遗憾。